Флавіу Консейсан розпочав професійну кар'єрув клубі «Ріо-Бранко» в 1992 році. Через рік він перейшов до «Палмейраса», де зіграв більше 100 матчів за 3 роки. Це привернуло увагу іспанського«Депортіво», які заплатили € 5.200.000 за його перехід влітку 1996 року.
Граючи в центрі півзахисту поряд зі своїм співвітчизником Мауро Сілвою Консейсао поступово перетворився в ключового гравця галісійців[1]. В переможному для «Депортіво» сезоні 1999-00 він забив 4 голи в 27 матчах. Це призвело до того, що в 2000 році Флавіо перейшов до мадридського «Реала» за € 26 мільйонів.
Попри те, що в основному складі «Реала» Флавіу Консейсан з'являвся нерегулярно, йому вдалося двічі стати чемпіоном Іспанії та переможцем Ліги чемпіонів УЄФА в сезоні 2001-02. Сезон 2003-04 Флавіу провів в оренді в дортмундській «Боруссії», де також не мав стабільного місця в основі.
Влітку 2004-го Консейсан перейшов до турецького «Галатасарая». В першому і останньому своєму сезоні він здобув Кубок Туреччини, проте команда не змогла пробитися до Ліги Чемпіонів. За одним з пунктів договору з «Галатасараєм» у разі непотрапляння команди до Ліги Чемпіонів, контракт міг бути розірваним. Флавіу скористався цим пунктом і перейшов в «Панатінаїкос». Та через травми та погану фізичну форму він був звільнений з команди і закінчив кар'єру у віці 32 років.
У збірній Бразилії Флавіу Консейсан дебютував 8 листопада 1995 року вийшовши на поле на 63-й хвилині у товариському матчі з командою Аргентини. Він брав участь у двох кубках Америки, в яких бразильці стали чемпіонами, і двох кубках конфедерацій, проте жодного разу не зіграв на Чемпіонаті Світу. Всього за збірну Флавіу зіграв 44 матчі і забив 4 голи. Остання його гра за збірну відбулася 3 вересня 2000 року в кваліфікації до чемпіонату світу, в якому бразильці перемогли Болівію 5-0.